直反對胡美投降，等明軍大部隊離開南昌城，祝宗和康泰就突襲了南昌，他們用炮火轟掉城門，並洗劫了南昌城池，守將鄧俞被迫逃離南昌。
朱元璋讓徐達撤離武昌，他要恢復和保持明軍在江西已經勝利的地位，則只能讓陳友諒在湖南湖北重塑他的武裝。
1362年5月，徐達收回南昌。與此同時，常遇春修復安慶城垣，安慶重新歸置於明軍控制之下，並且可以保護明軍的心臟位置——南京。
邵榮是朱元璋在最早起事時的老夥伴，他在明軍將領中身居高位，但他並非赫赫有名。邵榮從苗人手裡收復處州是他近幾年來第一次獨立作戰的結果，當邵大將軍的戰功不被明軍中的大部分人承認的時候，他滋生了叛逆的情緒。
邵榮與趙繼祖發動政變，他們打算在朱元璋領明軍回朝的時候殺了他。當天他們關上城門，準備射殺朱元璋，可惜大風颳起，朱元璋的身體被城門口一面旗幟裹住，朱元璋不喜歡這個預兆，於是換了個城門進城。
潛伏在南京城中的情報人員揭發了這兩位叛將的陰謀，朱元璋徵詢其他將軍的意見，常遇春的性格有些自大和急躁，他直接說：“該殺。”
邵榮和趙繼祖被處死，從此明軍的高階將領都開始各抒己見，自由發表心中意見。
1363年，陳友諒集結新的艦隊捲土重來，他預備重現1360年漢軍自長江溯流而下的輝煌，可惜事與願違，這次他被圍困南昌城三個月，並且他的水軍在鄱陽湖被全部摧毀。
1363年10月30日，陳友諒在湖口被射殺身亡，他被箭射穿了眼睛。
明漢的決戰就這樣結束了，陳友諒的幼子陳理被陳友諒餘部張定邊帶走，他在逃回武昌的時候，讓陳理登上帝位。
這一仗明軍俘虜漢軍水師五萬人，最後朱元璋攜陳友諒水師艦隊和戰俘回到南京。
1364年，明漢勝負已分，張士誠接著就成了明軍的死敵。當明軍的主力部隊在長江南岸四處征討之時，張士誠心意不決，漏過了一次又一次出現的天賜良機。
等朱元璋消滅陳友諒班師回朝的時候，其他二流的武裝割據政權反應各有不同，這些人包括堅決和朱元璋做對的陳有定，四川的明玉珍願意和明政權締結友好盟約，而方國珍則給朱元璋進貢，朱元璋在接受貢品的同時，向方國珍下發最後通牒：等明軍攻佔杭州，你在規定的日子內俯首稱臣。
陳友諒死了，朱元璋致力於收復和吞併過去屬於漢政權的土地，其中包括江西和湖廣。
常遇春領兵攻下武昌，湖南湖北餘下的州府聞風投降。後頭楊靖鎮守武昌，徐達和常遇春合力圍攻廬州，左君弼逃走，在安豐與擴廓帖木兒兵合一處。
1363年，朱元璋麾下一位將領不知道自己旗下有多少人馬，朱元璋因此而生氣。
次年，也就是公元1364年，朱元璋開始推行一種全新的標準的軍隊編制表，他將過去野戰軍中各翼元帥府改稱為‘衛’。‘衛’的編制為五千人，再分成一千人一組的千戶所，千戶所再拆分成百人一組的百戶所。
部隊指揮官都要放棄原有的稱呼和榮譽爵位，現在的人馬統一接受新的軍銜。朱元璋明確允許衛以下的軍銜世襲，軍戶世襲制同時也承襲了元代的兵制。
1364年明軍改制，在明軍中服役的老兵，即朱元璋在攻打陳友諒的時候親自帶領過的主力士兵被分派成17個衛，這個集團的老兵被准許可以完全退休。其他部隊的人則被派去南京地區搞軍屯，明軍在春天裡進行休整或勞動。在此之後，朱元璋本人不再負責具體的軍事指揮工作。
長江流域的各方勢力此消彼長，北方的民兵元帥們也出現了新舊交替。元政權默許的最大的割據軍團首腦察罕帖木兒死亡，他的侄子擴