馬林科夫自以為自己得到了孫衛國機械化部隊作戰戰術要領以及對日軍戰術分析，他是跟隨委員長一起離開長沙的，但孫衛國卻是很清楚，馬林科夫用不了多久，他便會回到長沙，重新求助自己。
蘇軍和日軍戰鬥依然是在進行著，日軍和蘇軍之間互相都有損失，但蘇軍是打算給日軍一個教訓，他們已經開始秘密集結部隊。
孫衛國現在是沒有時間關心蘇軍和日軍之間戰鬥，在第六軍團部隊開始接收長沙防務後，孫衛國迅速開始帶領軍團部人員對長沙進行全面考慮，以做出最完善的防禦方案。
1939年五月二十一日，也就是在委員長離開長沙的第二天，軍事委員會正式下達整編命令，孫衛國第六軍團整編為新編第六軍。
新編第六軍下轄榮譽第三師，201師兩個師部隊，孫衛國擔任新編第六軍中將軍長。
按照軍委會命令，榮譽第三師為步兵師，201師為裝甲師，這兩個師編制軍委會不會干預，全部由孫衛國擬定。
當然孫衛國擬定的人員編制軍委會軍政部會考察同意，而且孫衛國新編第六軍武器裝備，軍政部是不會出面解決的。
也就是說，軍委會給了編制人員，但是武器彈藥，還是需要孫衛國自己想辦法解決。
不過對此孫衛國倒是早有準備，在接到軍委會整編電文後，孫衛國立即對部隊進行整編。
新一師整編成榮譽第三師，師長由秦顯亮擔任，副師長則是抽調南昌警備旅旅長張文彬擔任，榮譽第三師下轄新一團，新二團，新三團，補充第一團，山炮團，師部直屬偵察營，警衛營，輜重營，高射炮營。
裝甲第五旅擴編為201師，師長由尹金山擔任，副師長則是抽調獨立旅旅長房超群擔任，201師下轄裝甲第五團，新編第四團（機械化），補充第二團，騎兵團，裝甲炮兵團，師部直屬戰鬥工兵營，警衛營，偵察營，輜重營，維修廠，高射炮營。
新六軍軍部直屬通訊營，警衛團，工兵營，重炮團，高射炮團，同時孫衛國將參謀處，情報處，軍需處取消，葛海峰和王坤垚分別擔任新六軍少將高參，政委沈薇接手負責新六軍軍需事項，原軍需處長調任高射炮團擔任團長。
第六軍團整編成新六軍後，榮譽第三師下轄四個步兵團，一個炮兵團，師部直屬四個營全師一萬三千餘人，201師同樣下轄五個團，但這卻是一個多兵種部隊，裝甲團和騎兵團人數不過兩千人，全師一萬兩千餘人。
新六軍軍部直屬三個團，兩個營，算上軍部人員，一共一萬餘人，新六軍全軍近三萬六千人。
部隊整編後，人員編制倒是沒有太大問題，但是招收兵員是目前最重要的事情。
萬幸的是軍政部雖然是不給武器裝備，但還是補充了一部分心病，而新六軍目前是負責守備長沙，長沙又是第九戰區司令長官部所在，戰區司令長官薛嶽倒是又抽調了兩個地方保安團補充到新六軍裡面。
對於軍政部和薛嶽補充的兵員，孫衛國是經過嚴格篩查，他必須要保證這些兵員沒有任何問題。
至於不足的兵員，孫衛國要求各師自己去招收合格兵員，補充自己部隊缺編人數。
新編第六軍整編工作一直是從五月二十一日忙碌到五月底，新六軍總算是有了一個大概樣子。
而對於榮譽第三師和201師部隊主要軍官，孫衛國和趙樂榮以及沈薇是反覆商議，他們最終是給軍政部上報了一個任命名單。
榮譽第三師少將師長秦顯亮，少將副師長張文彬，上校參謀長朱建威，新一團上校團長鄭官子麟，中校副團長嶽午，新編第二團上校團長陳正偉，中校副團長譚天宇，新編第三團上校團長文子涵，中校副團長韓幕，補充第一團上校團長方巖，副團長葉江