快趕到了朝歌城，但是蔡叔來不及堅守，被虞文達搶入城中，最終被活捉。虞文達把蔡叔帶到周公姬旦面前，向他獻上了俘虜。周公問道：“你們為什麼要散佈流言、興兵奪關，辜負先王分封土地的恩德呢？”蔡叔跪地告饒說：“這都是武庚、管叔的陰謀，我不曾阻止，才導致了今天的局面，請求兄長救我一命。”魯國公子伯禽說：“這些人是背叛天命的罪犯，應該斬首示眾。”周公姬旦說：“骨肉相殘，是歷史上的大惡，雖然他們背叛了國家，但我們何忍下手殺他們呢？”於是，命令左右把他們監禁在南牢裡，等待朝廷的處決。
周公下令，讓關上虞文達轉而去鎮守潼關，等待朝廷升賞。同時，他的兒子伯禽也被命令去鎮守魯國。周公告誡他說：“我是文王的兒子，武王的弟弟，當今天子的叔父。然而我仍然要一次沐浴三次握著頭髮，一次沐浴三次吐出口中的食物，起來接待賢士，唯恐失去天下的賢才。如此辛勤，仍然遭受讒言的詆譭，讓我狼狽不堪。使得沒有文武之力，都無法自保。你現在去鎮守魯國，處理政務應該愛護百姓，尊敬賢士，千萬不要因為國家強大而驕縱別人！”伯禽再次拜謝，接受命令後退下。周公姬旦對左右說：“我當初是被謠言誤導而出兵的，現在雖然二叔已經被消滅，但天子仍然對我心存疑慮。我要寫表奏明真相，等待天子的回心轉意，下旨讓我回朝，才能班師回家。現在我們只能暫時留在東方，以避免引起更多的猜疑。”於是，他派人奉表進京，釋出榜文安撫百姓。
當時成王和群臣正在討論國境問題，這時近臣奏報說：“冢宰公（周公姬旦）東征得勝，已經回朝呈上了奏表。”成王看了奏表後非常高興，對文武百官說：“我的叔父東征，不僅消滅了兩個叛徒，而且他的忠誠可嘉！他為何不率軍回朝，反而留在東方呢？只是呈上奏表而已，這是為什麼？”群臣上奏說：“冢宰公因為忠誠而被人詆譭，無法親自表白。如今幸好天兵到來，兩個叛賊被斬首，這是陛下的福氣！為了表明冢宰的忠誠，所以他暫住在東邊等待陛下的處理。陛下應該派遣大臣前去迎接，這樣才能保全雙方的美德。”成王沉思後，沒有同意這個建議。
到了秋末，五穀已經長得很好，但還沒有收割。突然有一天，天空昏暗，狂風大作，伴隨著閃電和雷鳴，城中揚起砂石，大樹被連根拔起。郊外的禾稻全部倒伏，百姓驚恐萬分。成王和百官非常害怕，不知道該怎麼辦。召公、畢公奏報說：“先王在位時，曾留下了一本卜筮之書，收藏在殿前的金梃匱中，以備查詢吉凶。現在遇到了天變，陛下為何不開啟金梃匱，取出卜筮之書進行占卜，以求知天意呢？”成王同意了這個建議，與群臣一起向天地和先王行禮，並開啟金梃匱尋找卜筮之書。最終，他們找到了周公當年曾寫下的“欲代武王”的預言。成王詢問史氏（史官），史氏詳細陳述了當年的事情並呈上了奏報。成王痛哭道：“叔父（周公）的功德盛大，卻被二叔（管叔、蔡叔）的讒言所害，如今被流放外面已經三年了。這都是我的過錯，是上天變化想警示我的無知啊！”群臣都感動得流淚。
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成王立刻派遣大臣，讓召公和畢公帶著詔書去迎接周公回京。同時在京城釋出詔書，表明周公沒有過錯。頓時，風雷停止，天空變得晴朗，五穀因風而倒伏的都挺立起來。百姓振奮鼓舞，民眾都非常喜悅。後來宋朝的丞相王荊公，因為感慨王莽的事蹟，寫下了一首詩：“周公恐懼流言日，王莽謙恭下士時。假使當年身便死，一生真偽有誰知。”又有一位名叫潛淵居士的人，讀了這首史詩之後，感慨萬千說道：“左手旋乾右轉坤，群邪嫉正起流言。安安不效旋胡促，凡幾常書赤舄尊。天變風雲昭大節，書藏金匱顯忠臣。成王一整迎歸駕，周室君臣孝義存。”