日軍被圍困的101師團和高橋支隊安全返回修水河北岸，中國部隊被圍困的29軍在裝甲第五旅接應下返回修水河南岸。
第九戰區前敵總指揮羅卓英迅速命令第19集團軍，第一集團軍沿修水河部，同時羅卓英電令新一師孫衛國，要求孫衛國迅速將修水河北岸部隊全部撤回來。
四月一日上午，警衛營和新一團第一營部隊放棄城南村，所部開始向九合鄉轉移，而日軍部隊自然不會輕易放這些新一師部隊安全返回修水河南岸。
惱羞成怒的岡村寧次命令稻葉四郎一定要全殲九合鄉新一師部隊，日軍部隊鋪天蓋地朝著九合鄉湧動而來。
從四月一日開始，日軍第六師團11旅團在戰車叢集以及騎兵第四旅團配合下，連續對九合鄉展開了十幾次集團衝鋒，但是因為有炮兵第三旅火炮支援，日軍11旅團部隊攻擊被接連打退。
孫衛國雖然接到了羅卓英撤退命令，但是他很清楚現在如果渡河返回，肯定會遭到日軍襲擊，所以他選擇固守九合鄉。
日軍對九合鄉作戰一直從四月一日持續到四月十日，這十天時間裡面，日軍調動了第六師團，106師團，101師團，116師團，33師團，34師團，獨立混成第11旅團，獨立混成第12旅團，戰車叢集，騎兵第四旅團等部隊進行車輪戰，但是九合鄉始終都是掌握在中國部隊手上。
到了四月十日，日軍第11軍司令官岡村寧次放棄對九合鄉攻擊，他將日軍33師團，34師團部署在德安縣以及九江一帶，其餘各部則是返回駐地，岡村寧次的司令部也開始回到了武漢。
在這十天攻擊裡面，日軍部隊傷亡足足有五千多人，這樣傷亡代價是岡村寧次無法承受的。
四月十日，第九戰區與日軍第11軍部隊在南昌附近展開作戰結束，此次作戰日軍傷亡足足有四萬多人，而中國部隊傷亡數字也達到了驚人的五萬多人，不過日軍陣亡人數足足有近三萬人，中國部隊陣亡人數不過才一萬餘人而已。
南昌這塊險地是守住了，同時中國部隊還殲滅了日軍石原支隊，獨立重炮兵第六旅團，第36旅團部三支部隊，擊斃日軍少將三名。
新一師部隊在此次作戰中是起到了中流砥柱作用，在圍殲日軍石原支隊等作戰中，新一師是絕對主力。
四月十五日，新二團等部隊從九合鄉渡河返回修水河南岸，隨即第九戰區司令長官部下達命令，新一師駐守南昌。
隨著新二團等部隊返回修水河南岸，中日雙方恢復到南昌會戰之前的態勢，第19集團軍和第一集團軍則是繼續部署在修水河一帶。
四月二十日，軍委會通電全國各個戰區嘉獎新一師部隊，委員長授予孫衛國三等寶鼎勳章，同時銓敘孫衛國為陸軍中將軍銜，授予新一師第十三號海陸空軍武功壯。
同日，軍政部特批，優先補充新一師兵員武器裝備，而裝甲第五旅旅長尹金山，步兵第一旅代理旅長秦顯亮，炮兵第三旅旅長梁澤瑞，全部被銓敘為陸軍少將軍銜。
四月二十五日，第九戰區傳達軍委會命令，以新一師師部為基礎，組建南昌警備司令部，中將師長孫衛國擔任警備司令部司令，南昌警備司令部下轄新一師，南昌保安第二團，第九戰區補充團，同時海軍調配炮艦三艘，巡邏艇三艘劃歸南昌警備司令部指揮，用於防範日軍堅挺流竄到鄱陽湖，威脅江西省省會南昌。
南昌會戰驚結束了，新一師成為了長官們爭先嘉獎物件，孫衛國這個名字再次傳遍了全國。
而孫衛國對這一切都沒有太多興奮，從前線返回到南昌後，孫衛國是睡了一天一夜的時間，他這才恢復一些體力。
這段時間孫衛國每天休息時間不會超過三個小時，高強度指揮作戰讓孫衛國身心疲憊，如