正當厲正功等人緊張地準備著執行任務之時，一份檔案被傳到了中南海。
這份檔案指出：
2437年，當時的五大善人已經有了充足的證據表明：在距離不遠（大約248和120光年左右）兩個星系有高等文明存在，不排除為比本星系更高科技文明的可能性。訊息一出，全球譁然，人類繼共同體宣言後第一次進入大團結時期，科技的爆發是可怕的，卻也是充滿希望的，短短十幾年，空間快速通道技術已經驗證併成熟，地球人類第一次能夠在真正的太空中立足，雖然耗光了幾乎全球的金屬。
2465年，隨著越來越多的太空基地被建立，人類的手伸的越來越遠，同時也發現了更為可怕的事情：擁有星際旅行實力的文明遠不止預想中的那麼少，一個新鮮的戰場被探索飛船發現，殘骸顯示出不同的幾百種合金型別和七八個標誌表示著在太空中至少還有七八個勢力擁有長途奔襲的能力，也正是那一年開始，地球上出現了一批以高等人類自居的人，不顧同胞生命，在這顆飽經滄桑的星球上肆虐。
在花了大量時間和物資人力終於俘虜了一個反叛者以後，五大善人立刻採取了最新的強制審訊措施，由此得知了部分關於外星部族侵略的資訊，不過很可惜的是審訊不足一半就被潛伏的敵人打斷，最終人類僅僅是瞭解到了這個外星文明的部分：寡頭政治，寡頭極其強大，不是該文明的原生生命，而且不知何處降臨的高科技種族，使用絕對的科技力量來控制低階文明，就像玩遊戲一樣，同時滲透其他十幾個文明，單純是為了好玩。
在瞭解了外星文明的恐怖和外星文明對地球文明的判斷以後，五大善人決定進行反制：利用最頂尖的科技打造計算機群，篩選並處理所有可能項並且從不可能項中再進行篩選，篩選結果為孢子，這些孢子將在日後成為獨當一面的人物，或是將領；或是工程師；再或者是新的計劃執行者。而計劃的名稱則被定為孢子計劃。
2490年，孢子計劃正式立項，而孢子計劃產生的第一個結果卻出乎意料，這個人已經去世了，而且還是反叛者中的一員（“叛國者”組織在2511年釋出第一次公告，以“毀滅者”自居，而政府方面則將其組織正式命名為“叛國者”）。這一次測算讓所有人都覺得不可思議，在得到准許的情況下，工作人員又進行了四種檢驗測算，但是即使榨乾了全球所有的文獻資料，甚至連幾千年前保留下的古籍也被編碼進資料庫，測算的結果……其實是變了，但是是可靠度從52%一路漲到86%，而到了第五次測算直接給出了“孢子已經誕生”的計算結果。計劃的初代執行者百思不得其解，最終決定暫時封存檔案。
2518年4月23日，孢子計劃的外圍計劃——天女散花正式啟動，計劃中有一名基層幹部，名字叫張公益。天女散花計劃的真實目的就是掩人耳目。
自此開始孢子計劃成為了關乎整個人類種族存亡的最高機密，所有篩選出的人員名單在第一時間任何人都不會知曉，直到到達推演出的合適時間，選定人才會被秘密帶到一個隱秘的外太空基地進行相應培訓。這種似乎是把人類命運交給一堆晶片的做法讓大部分科學家非常反感。
而這個計劃最開始，就被兩支不同的外星人盯上了——孢子計劃的一個秘密基地曾是戰場，儘管這個基地採用了最先進的偽裝技術，可是最後仍然被定位並摧毀，不過仍有一個好訊息：這兩支外星人明顯是敵對關係，孢子基地毀滅前仍有足夠的時間觀測到兩方交火併派出通訊飛船。
實際上，這已經不是人類第一次和外星人接觸，早在百年前，一艘方舟飛船出發，五十年後，一艘方舟飛船上生產的通訊飛船帶來訊息：方舟飛船和外星人接觸並交流，雙方互贈禮物，但沒有簽署任何協議。此時的地球人類剛剛從新一次