後，便向負責整個應天府衛所整頓的指揮使大人覆命，說道：“大人，賬目清查這一塊兒，目前來看，大多商鋪倒是沒什麼大問題，只是這衛所內部的情況，可就複雜得多了呀。”指揮使皺著眉頭問道：“哦？如何複雜，你細細說來。”李千戶嘆了口氣，說道：“大人，如今這衛所裡，軍戶逃亡的現象極為嚴重，好些個名額都是空的，可上頭撥下來的軍餉卻依舊在領，也不知被誰中飽私囊了；還有那操練之事，士兵們整日懶散，根本沒個軍隊的樣子，這軍備器械，也大多破舊不堪，急需更換啊。”
指揮使聽了，大怒道：“哼，這些個情況，本官也有所耳聞，看來這整頓得下狠手了，傳令下去，先從清查軍戶入手，把那些逃亡的、冒名頂替的，都給本官揪出來，一個都不許漏！”
於是，一場針對軍戶的清查行動在應天府的衛所裡轟轟烈烈地展開了。士兵們被挨個點名，核對身份，檢視是否與軍戶名冊相符。這可讓那些心裡有鬼的人坐立不安了。
在衛所裡，有個叫王二麻子的小兵，本就是頂替了自己哥哥的名額來當兵吃餉的，聽聞要清查軍戶，嚇得魂飛魄散。他私下裡找著平日裡相好的幾個兄弟，商量對策。王二麻子哭喪著臉說：“哥幾個，這可咋辦呀，我這要是被查出來，非得被軍法處置不可，你們可得幫我想想辦法啊。”其中一個年長些計程車兵搖搖頭，說道：“二麻子，你這當初就不該幹這事兒啊，如今朝廷要嚴查，咱能有啥辦法，我看你還是趁早主動去跟大人坦白，說不定還能從輕發落呢。”王二麻子一聽，把頭搖得像撥浪鼓似的，說道：“那哪成啊，我可不敢，萬一被重罰，我這條小命可就沒了。”
就在他們商量之時，負責清查的官兵已經來到了他們營房。王二麻子躲在角落裡，嚇得渾身發抖，可還是被官兵發現了。官兵看著他，問道：“你，叫什麼名字？為何見了本官如此慌張？”王二麻子結結巴巴地說：“大……大人，我……我叫王二麻子啊，我……我沒慌張呀。”官兵起了疑心，拿出軍戶名冊一對，發現名冊上並沒有他的名字，當下便喝道：“好你個冒名頂替的傢伙，竟敢欺騙朝廷，來人啊，給我拿下！”王二麻子還想掙扎，可哪裡敵得過官兵，很快就被綁了起來，押去見指揮使了。
指揮使看著被押來的王二麻子，怒斥道：“你這膽大妄為的小子，竟敢頂替軍戶名額，騙取軍餉，可知這是何罪？”王二麻子跪地求饒，哭著說：“大人，小的知錯了，小的家裡窮，實在沒辦法才出此下策啊，還望大人饒命啊。”指揮使冷哼一聲，說道：“軍法無情，你既犯了錯，就得承擔後果，先關起來，待清查完所有軍戶後，一併處置！”
隨著清查的深入，越來越多的問題被暴露出來，不僅有冒名頂替的，還有些將官故意隱瞞軍戶逃亡情況，私吞軍餉的。指揮使一一記錄在案，準備嚴懲這些違法亂紀之人。
而在整頓操練方面，也遇到了不小的阻力。士兵們平日裡懶散慣了，突然要早起訓練，叫苦不迭。有個士兵嘟囔著：“這以前也沒這麼嚴啊，如今這又是何苦呢，天天累得要死，還不如以前自在呢。”這話被負責訓練的百戶聽到了，他呵斥道：“你這懶骨頭，如今朝廷下令整頓衛所，就是要讓咱們恢復軍威，若是外敵來襲，就憑你們這副樣子，能守得住應天府嗎？都給我好好訓練，再敢偷懶，軍棍伺候！”
在這嚴格的訓練之下，士兵們雖然怨聲載道，可也漸漸有了些軍人的樣子，佇列整齊了，武藝也有了些長進。
同時，對於軍備器械的更新，指揮使也在積極籌措。可這需要大量的銀子，朝廷撥付的款項有限，還得想其他辦法。指揮使召集了應天府的一些富商和鄉紳，向他們說明了情況，希望他們能捐款資助。
起初，那些富商和鄉紳們都不太樂意，畢竟這是花錢的事兒，