秦始皇得知盧生和侯生逃跑，而且已經來不及追捕後，他憤怒地說：
“我之前召集了各地的文學之士和方術之士來到都城，本意是希望他們能輔佐我實現太平盛世，並煉製出神奇的仙藥。然而，徐市等人耗費了鉅額資金，最終卻連仙藥的影子都沒見到。盧生等人，我平日裡對他們不薄，給予他們豐厚的賞賜，但他們現在卻肆意誹謗我，甚至侮辱我。由此可見，這些方術之士的品行如此惡劣，其他的人可想而知也不會好到哪裡去。我猜測在咸陽城中的數百名儒生中，也必定有人散佈妖言，煽動蠱惑百姓。我已經派人暗中調查，大致掌握了一些情況，看來這次我不得不進行徹底的清查，以絕後患。”
秦始皇立刻釋出了詔令，命令御史們對那些儒生進行審問，並要求他們將審問的結果詳細上報。御史們心照不宣地接受了這項任務，他們秘密地召集了幾百名儒生，詢問他們是否有散佈妖言蠱惑人心的行為。儒生們一聽，都齊聲回答：
“聖上如此英明，我們怎麼敢胡亂議論呢？”
然而，儒生們的話還沒說完，就聽到一聲響亮的驚堂木聲，這突如其來的聲音讓所有人都感到意外。緊接著，御史們開始厲聲呵斥：
“你們這些人，如果不給你們用點刑，你們怎麼會肯說實話！”
說完，他們就命令差役們取出各種殘酷的刑具，將儒生們強行按倒在地上。有的儒生被狠狠地打板子，有的則被鞭笞得皮開肉綻，鮮血四濺，場面慘不忍睹。有幾個儒生在被嚴刑拷打時，發出淒厲的呼冤聲，但審問的官員卻毫不留情，反而下令對他們施加更重的刑罰。在枷鎖、棍棒等刑具的折磨下，無論他們如何堅持，最終都只能被迫屈打成招，承認那些莫須有的罪名，無辜地遭受誣陷。這些審問的官員手段極其狠辣，他們不僅對這些儒生進行殘酷的折磨，還故意歪曲和誇大他們的供詞，透過巧妙的文字遊戲和牽強附會的推理，將原本簡單的事情複雜化，最終編織成一場大冤案。然後，他們又用華麗的辭藻和模糊不清的語言上奏給秦始皇，企圖矇混過關。然而，秦始皇卻並沒有察覺到其中的問題，反而被這些官員的“治獄之才”所迷惑，認為他們處理得當，立即批准了他們的奏章。他下令將所有觸犯禁令的儒生一律處死，以儆效尤，希望透過這種極端的手段來讓天下人知道違抗皇命的下場，從而不敢再犯。這些無辜的儒生就這樣遭到了慘痛的災禍，他們被獄卒們按照既定的方法捆綁起來，然後像牲口一樣被推出咸陽市，準備行刑。據統計，這一場冤案共涉及了四百六十多名儒生，他們的命運就這樣被無情地決定了。正巧秦始皇的長子扶蘇入宮探望他的父親，他無意間在市集上看到一群即將被處刑的罪犯。這些罪犯的雙手都被反綁在背後，他們步履蹣跚地走來，臉上滿是痛苦和絕望的表情，嘴裡還發出微弱的呻吟聲。扶蘇看到這一幕，心中感到十分同情和憐憫。於是，他找到負責監刑的官員，請求他們暫時停止行刑，等自己向父皇奏請後再做決定。監刑官一看是扶蘇，自然不敢違抗他的命令，連忙連連答應。扶蘇急忙快步走進宮中，經過一番尋找，終於見到了秦始皇。他恭敬地向父皇行了問安禮後，便開始進諫道：
“父皇，如今天下剛剛安定下來，百姓們的心還未完全安穩。這些儒生都是尊崇孔子、懂得禮義的人，如果我們現在用嚴酷的法律來懲罰他們，甚至處以死刑，我擔心會引起人心的不滿和反抗，反而會影響父皇的英明決策。因此，我懇請父皇能夠大發慈悲，酌情考慮赦免他們的罪行。”
扶蘇的話剛說完，秦始皇立刻怒不可遏地反駁道：
“你小孩子懂什麼？也來插嘴！這裡不需要你，你立刻去北邊的上郡，監督蒙恬將軍，讓他加快建造長城和直道，我即要將進行北巡。”
扶蘇看到秦始皇臉上滿是