去世後，他的兩個弟弟忽必烈和阿里不哥展開了汗位爭奪。忽必烈在開平稱汗，阿里不哥在和林稱汗，雙方爆發內戰。這場內戰不僅使蒙古帝國東部陷入分裂，西部的旭烈兀和朮赤家族的別兒哥也因宗教等問題爆發衝突，蒙古帝國徹底陷入混亂。
2. 經濟基礎差異：
蒙古帝國疆域遼闊，不同地區的經濟發展水平和模式差異巨大。中原地區、西亞地區、東歐地區等都有各自的經濟體系和特點。例如，中原地區以農業經濟為主，有著發達的農業生產和商業貿易；西亞地區則是重要的商業和貿易中心。各地區在經濟上的獨立性較強，缺乏緊密的經濟聯絡和統一的經濟管理，難以形成強大的經濟凝聚力來維繫帝國的統一。
隨著蒙古帝國的擴張，對各地區的經濟掠奪和剝削也日益嚴重，這引發了當地人民的不滿和反抗，進一步削弱了帝國的統治基礎。
3. 文化差異與隔閡：
蒙古帝國統治的地區涵蓋了眾多不同的民族和文化，包括漢族、伊斯蘭文化、基督教文化等。不同文化之間的差異和衝突難以避免，例如在宗教信仰、風俗習慣、價值觀念等方面存在著很大的不同。這種文化上的差異使得帝國各地區之間的認同感和凝聚力較低，難以形成統一的文化認同和國家意識。
蒙古統治者在文化政策上也存在一定的問題。一些統治者試圖強制推行蒙古文化，忽視了其他民族文化的存在和價值，這引起了被統治民族的反感和抵制，加劇了文化上的矛盾和對立。
4. 地緣因素：
蒙古帝國的疆域過於龐大，地域之間的距離遙遠，交通不便，通訊困難，這使得中央政權對地方的管理和控制難度極大。中央的政令難以迅速傳達至各地，地方的情況也難以及時反饋給中央，導致地方勢力容易形成割據局面。
各地區的地理環境和資源分佈也不均衡，一些地區擁有豐富的資源和優越的地理位置，而另一些地區則相對貧瘠和偏遠。這使得不同地區之間在經濟利益和政治地位上存在著競爭和矛盾，進一步加劇了帝國的分裂趨勢。