蒙文明逐漸衰落，但巴林作為貿易中心的地位並未因此減弱。
進入中世紀後，巴林先後成為波斯帝國、薩珊王朝以及伊斯蘭教興起後的倭馬亞和阿拔斯哈里發國家的一部分。伊斯蘭教的傳播深刻影響了巴林的社會結構與文化面貌。公元628年，巴林的統治者接受了穆罕默德先知的信使，正式皈依伊斯蘭教，這標誌著巴林正式納入伊斯蘭世界的版圖。此後，伊斯蘭教的宗教信仰與文化傳統逐漸深入人心，成為塑造巴林社會的重要力量。
15世紀末至16世紀初，隨著葡萄牙探險家達伽馬繞過好望角開闢通往印度的新航線，歐洲列強的目光也開始投向東方。葡萄牙人在1521年佔領了巴林，試圖控制這一重要的貿易通道。然而，葡萄牙人的統治並沒有持續太久，1602年，薩法維王朝的軍隊驅逐了葡萄牙人，恢復了對巴林的控制。薩法維王朝的統治為巴林帶來了相對穩定的時期，同時也加強了與伊朗之間的聯絡。然而，這種和平局面並未長久維持，1717年，阿曼蘇丹國攻佔巴林，開啟了長達近一個世紀的阿曼統治時期。
直到1820年，英國與巴林簽訂條約，承認巴林獨立，並承諾保護其免受外來侵略。從此，巴林進入了與英國長達一個多世紀的保護關係。在此期間，巴林經歷了現代化程序，基礎設施建設得到了顯著改善，教育體系逐步完善，石油工業的發展更是極大地推動了經濟的增長。1932年，巴林發現了中東地區第一口油井，標誌著石油時代的到來。石油收入不僅為政府提供了充足的財政來源，也為國家的發展奠定了堅實的基礎。
二戰結束後，全球民族解放運動風起雲湧，巴林人民也開始了爭取完全獨立的鬥爭。經過長期的努力與談判，1971年8月15日，巴林終於宣佈獨立，結束了與英國長達150年的特殊關係。獨立後的巴林面臨著諸多挑戰，包括經濟發展、社會改革以及維護國家安全等方面的問題。然而，憑藉著豐富的人力資源和自然資源，巴林迅速崛起，成為海灣地區最具活力的經濟體之一。