靈璧之戰，宛如一場驚天動地的風暴，徹底打破了朝廷與燕王朱棣之間的局勢平衡。此役過後，朝廷一方可謂損失慘重，大量的將領、官員以及內官淪為俘虜，而朱棣則果斷下令，派人將這些俘虜押送回北平。
在眾多被俘之人中，平安格外引人注目。平安曾屢次擊敗燕軍，斬殺燕將數人，燕軍將士們對他恨之入骨，紛紛向朱棣請求將其斬殺。然而，朱棣卻十分愛惜平安的才勇，特意挑選精銳士兵負責護送他，還嚴命世子朱高熾和郭資等人務必善待這位宿敵。
說起朱棣與平安之間的淵源，倒也頗為複雜。起初，平安跟隨朱棣出征塞外之時，表現平平，並未顯山露水，朱棣對他也頗有輕視。可誰能料到，自朱棣起兵靖難之後，平安竟如同一顆驟然閃耀的星辰，鋒芒畢露，給朱棣帶來了諸多麻煩。但也正因他展現出的非凡才能，讓朱棣心生愛才之意，而且從某種程度上來說，二人也算得上兄弟。
望著平安被押送遠去的身影，朱棣不禁長嘆一聲，感慨道：“這平保兒乃父皇養子，如今父皇所養的武士，就只剩他平保兒一人而已了。孤實在不忍殺之。”
靈璧之戰大敗的訊息如同一記重錘，狠狠砸向了京師的朝野。朝廷軍隊的主力在這場戰役中幾乎被葬送殆盡，這讓朱允炆又驚又怒，滿心的疑惑更是難以排解。就在不久前，朝廷才剛剛在齊眉山大破燕軍，那時的朱允炆還以為叔父朱棣已經再無還手之力，可怎料局勢竟如此急轉直下，轉眼間便陷入了這般絕境。
但朱允炆深知此刻絕非宣洩憤怒和追究責任之時，他趕忙找來方孝孺商議應對之策。方孝孺同樣沒料到朝廷會在靈璧遭遇如此慘敗，可事已至此，當務之急便是要設法阻止燕王繼續南下。
他沉思片刻後，向朱允炆進言道：“陛下，此番靈璧兵敗，燕王定會乘勝追擊，率軍繼續朝南進發。值此危急關頭，陛下唯有下令盛庸在淮河設下防線，全力阻止燕軍渡河。如今朝中兵馬已然不足，而燕軍氣勢正盛，陛下應當即刻派出大臣前往各地徵兵，同時下旨令各地出兵勤王。此前齊泰、黃子澄二人曾上書諫言令遼東出兵，不知結果究竟如何？”
朱允炆一臉沮喪，無奈地回道：“唉！朕曾下令遼東派兵南下，欲與鐵鉉會師濟南，可五月初一在直沽遭遇燕軍阻攔，便被燕軍擊潰了。先生，如果盛庸在淮河攔不住燕王，朕又該如何是好？”
方孝孺也深感局勢對朝廷極為不利，只能勸慰朱允炆道：“若真到了那一步，陛下可遣宗親與燕王求和，以骨肉親情穩住燕王。如今長江以北已大多被燕軍掌控，陛下不妨表示願意割地求和，劃江而治以為緩兵之計，來爭取喘息之機。待各路勤王兵馬趕到，朝廷再休養生息一番，而後重整旗鼓，再行伐燕之策。”
朱允炆滿臉無奈，只得點頭應道：“也只能如此了……”
而另一邊，燕軍在靈璧之戰大獲全勝後，士氣空前高漲，將士們對朱棣堅持南下的決定愈發敬佩起來。朱棣也深知機不可失，趁熱打鐵方能成就大事，於是決定趁著南軍大敗的絕佳時機，率領燕軍朝著東南方向直線挺進。
五月初七這一日，朱棣親率燕軍一舉攻下泗州。泗州，乃是朱家的祖陵所在。朱元璋的祖父朱初一當年就葬在泗州的楊家墩，待朱元璋稱帝之後，追尊其高祖父、曾祖父、祖父等，此地便被視作祖陵所在，開始大興土木，營建陵寢等諸多相關建築，久而久之，便成了朱明皇室極為重要的祭祀祖先的神聖場所。
朱棣攻下泗州後，立即嚴令燕軍將士不得侵擾當地百姓，務必做到秋毫無犯。身為太祖高皇帝朱元璋之子，朱棣自然拜謁祖陵，此舉一方面是出於對祖宗的敬重，另一方面也是為了安撫當地百姓。於是，他下令賞賜父老鄉親牛酒，以表心意。
朱棣以“靖難”之名起