郡縣制強調中央集權，地方官員嚴格按照中央指令行事，在一定程度上抑制了地方的自主性和創造性。地方在面對一些特殊情況或本地問題時，可能因缺乏自主決策權而難以迅速有效地採取應對措施，導致行政效率在某些特定情況下有所降低。
2. 高度集權下的腐敗風險
由於權力高度集中於中央，而地方官員的升遷、獎懲主要取決於中央的考核，這可能導致一些官員為了追求政績或個人私利而迎合上級，甚至出現貪汙腐敗現象。在秦朝後期，部分地方官員的苛政和腐敗成為引發社會矛盾激化的重要因素之一，最終導致了秦朝的滅亡。
然而，儘管郡縣制存在一定的歷史侷限性，但它在中國歷史上的積極意義遠遠超過其消極影響。從秦朝開始，歷經兩漢、魏晉南北朝、隋唐、宋元明清等朝代，郡縣制在不斷發展和完善的過程中，始終是中國古代地方行政制度的核心組成部分，為中國古代社會的長期穩定、經濟繁榮、文化傳承與發展奠定了堅實的基礎。它是中國古代政治智慧的結晶，對世界政治制度史也產生了重要的示範和借鑑作用，彰顯了中國古代文明在制度建設方面的卓越成就。