王氏、陳郡謝氏等老牌士族雖歷經風雨，根基深厚、文化底蘊悠長，對新興桓氏心存忌憚，擔憂桓溫借北伐攬權，威脅家族利益。桓溫第一次北伐無功而返時，朝堂之上王氏、謝氏子弟便藉機彈劾，指責桓溫指揮失當、冒進貪功，妄圖削弱其兵權；第二次收復洛陽後，朝廷消極對待，不願配合桓溫鞏固戰果，實質是各士族聯手製衡，防止桓溫憑軍事勝利一家獨大。
桓溫亦非坐以待斃之人，面對士族掣肘，他施展權謀手段反擊。太和六年（公元 371 年），桓溫藉故廢黜晉帝司馬奕，改立簡文帝司馬昱，此乃驚天之舉，彰顯其操控皇權野心，向士族示威：他已手握廢立大權，誰敢阻攔北伐、抗衡其權威，便是與皇權作對。這一事件引發東晉政治大地震，士族惶恐不安，卻又投鼠忌器；簡文帝在位期間，形同傀儡，朝政盡在桓溫掌控，朝堂噤若寒蟬，政治生態扭曲，各方勢力在高壓下伺機而動。
階層隱憂：北伐背後的東晉社會矛盾
東晉社會階層分化嚴重，高門士族壟斷政治、經濟特權，生活奢靡腐朽，佔據大量土地、勞動力；寒門庶族雖有才能學識，晉升艱難，常被士族打壓排擠；底層百姓深受戰亂、苛稅之苦，既要承擔繁重田賦、徭役，又要面臨北方政權侵擾、流民潮衝擊。桓溫北伐本意恢復中原，喚起民族大義，卻受階層矛盾制約。
士族階層多安於江南富庶溫柔鄉，北伐需其出錢出力、輸送子弟參軍，損害切身利益，故消極對待，甚至暗中破壞後勤補給、軍事協作；寒門庶族渴望借北伐建功立業，改變命運，但受士族把控軍政大許可權制，難以施展抱負，軍中晉升渠道不暢，積極性受挫；底層百姓雖期盼王師北定中原，迴歸故鄉，但長期戰亂致農田荒蕪、經濟凋敝，無力持續支撐大規模北伐戰爭物資消耗，民力疲敝，怨聲載道。
歷史餘音：桓溫北伐的深遠烙印
桓溫北伐雖未達成恢復中原宏願，卻如巨石入水，在東晉歷史長河激起千層浪。軍事層面，其北伐實踐積累寶貴經驗，諸多戰術創新、軍事地理勘察成果，為後世南朝軍事發展提供借鑑；激勵無數仁人志士投身軍旅，保家衛國熱忱代代相傳，彰顯華夏兒女不甘沉淪、抗爭到底精神。
政治上，桓溫衝擊東晉固有門閥政治格局，打破幾大家族輪流坐莊平靜局面，使皇權與士族關係歷經重構，桓氏家族短暫崛起改變權力分配版圖；為後續劉裕崛起、寒門掌權開歷史先河，推動東晉政治體制緩慢變革，加速門閥士族衰落程序。
於文化而言，北伐蘊含的恢復華夏正統理念深入人心，洛陽等古都收復雖短暫，卻喚起文化傳承記憶，諸多文人墨客圍繞北伐創作詩詞文章，傳頌英雄事蹟，強化民族認同感與文化凝聚力，成為華夏文明在亂世堅守、傳承精神支柱，時刻警醒後人銘記山河破碎之痛，矢志不渝追求國家統一。