他們不畏強敵，奮勇殺敵，多次擊敗前來圍剿的官軍。例如，在與王莽派來的太師王匡和更始將軍廉丹率領的官軍作戰中，赤眉軍雖然裝備簡陋，但憑藉著高昂計程車氣和靈活的戰術，在成昌（今山東東平西）大敗官軍，王匡狼狽逃竄，廉丹戰死，赤眉軍繳獲了大量的武器裝備和物資，聲威大震。
隨著綠林、赤眉兩支起義軍的不斷發展壯大，他們的活動範圍逐漸擴大，對西漢王朝的統治構成了嚴重威脅。王莽意識到問題的嚴重性，決定調集大軍對起義軍進行大規模圍剿。他先後派遣了多支軍隊前往荊州和山東地區，但由於官軍士氣低落、指揮不力以及起義軍的頑強抵抗，圍剿行動屢屢失敗。在與官軍的戰鬥中，綠林、赤眉起義軍積累了豐富的作戰經驗，他們不斷總結戰術，提高戰鬥力，逐漸形成了一套適合自己的作戰方法。例如，綠林軍善於利用山林地形設伏，出其不意地打擊敵人；赤眉軍則擅長以勇猛的衝鋒和靈活的機動性來突破敵人的防線。
在綠林起義軍發展過程中，西漢宗室劉玄被起義軍擁立為帝，年號更始。劉玄被立為帝后，綠林軍在名義上成為了“漢軍”，他們打著恢復漢室的旗號，進一步擴大了政治影響力，吸引了更多的人加入到起義隊伍中來。更始政權建立後，綠林軍兵分多路，展開了更大規模的軍事行動。其中，王匡、王鳳等率領主力部隊向北進攻洛陽，申屠建、李松等則率領另一路部隊向西進攻長安。在進攻洛陽的戰鬥中，綠林軍與王莽軍展開了激烈的爭奪，經過多次戰鬥，終於攻克了洛陽，隨後繼續向長安進軍。與此同時，向西進攻長安的綠林軍也進展順利，他們沿途擊敗了王莽軍的抵抗，逼近長安。公元 23 年，綠林軍攻入長安，王莽在混亂中被殺，新朝覆滅。
然而，更始政權建立後，內部矛盾逐漸凸顯。劉玄本人缺乏政治才能和領導能力，他無法有效地控制綠林軍內部的各個派系，導致將領們之間爭權奪利，矛盾重重。例如，在長安城中，將領們為了爭奪地盤和財富，相互爭鬥，甚至發生了武力衝突。同時，更始政權在對待赤眉軍的問題上也出現了嚴重失誤。起初，赤眉軍曾表示願意與更始政權合作，但劉玄等人對赤眉軍心存疑慮，拒絕了他們的合作請求，並試圖對赤眉軍進行分化瓦解。這一舉動激怒了赤眉軍，他們決定與更始政權決裂，轉而向西進軍，攻打長安。
公元 25 年，赤眉軍在樊崇的率領下，攻入長安，推翻了更始政權。劉玄被迫投降，後被赤眉軍處死。赤眉軍進入長安後，雖然掌握了政權，但他們也面臨著諸多問題。由於缺乏政治治理經驗，赤眉軍無法有效地組織生產、恢復社會秩序，長安城中糧食短缺，物價飛漲，百姓生活困苦不堪。同時，赤眉軍內部也開始出現分裂和混亂，將領們為了爭奪權力和財富，相互爭鬥，軍隊紀律鬆弛，戰鬥力下降。在這種情況下，赤眉軍在長安的統治並不穩固，他們不得不四處尋找出路。
在綠林、赤眉起義軍相互爭鬥、內部混亂的同時，劉秀在河北地區逐漸崛起。劉秀是西漢宗室成員，他為人謹慎、機智勇敢，具有卓越的政治才能和軍事指揮能力。劉秀在河北地區得到了當地豪強地主和官僚的支援，他以恢復漢室為號召，組建了一支強大的軍隊，開始了自己的統一大業。劉秀首先在河北地區擊敗了王郎等割據勢力，鞏固了自己的根據地。隨後，他又陸續收編了一些農民起義軍和地方武裝力量，進一步壯大了自己的實力。公元 25 年，劉秀在鄗城（今河北柏鄉北）稱帝，年號建武，建立了東漢政權。
劉秀建立東漢政權後，將主要精力放在了統一全國的戰爭上。他首先將矛頭對準了赤眉軍，採取了一系列戰略戰術，對赤眉軍進行圍剿。劉秀利用赤眉軍在長安城中的困境，派軍在赤眉軍東歸的路上設伏，多次擊敗赤眉軍。公元 27 年，赤眉軍在宜陽（