乘風縱火，突襲黃巾軍營地，黃巾軍頓時陷入混亂。朱儁、曹操等將領也率領官軍趁機出擊，黃巾軍大敗，損失慘重。
在鎮壓黃巾軍的過程中，東漢政府還採取了一些政治手段來分化瓦解黃巾軍。例如，他們宣佈赦免參與起義的農民，只要他們放下武器，就可以免罪回鄉。這一措施在一定程度上削弱了黃巾軍的力量，使得一些意志不堅定的農民紛紛脫離黃巾軍。
隨著戰爭的持續，黃巾軍內部也出現了一些問題。由於缺乏統一的領導和有效的組織協調，各地黃巾軍之間的聯絡逐漸鬆散，難以形成強大的合力。而且，黃巾軍在長期的戰爭中，物資供應逐漸短缺，士兵們計程車氣也受到了影響。
在官軍的猛烈鎮壓下，黃巾軍的主力逐漸被消滅。公元 184 年八月，張角因病去世，黃巾軍失去了核心領袖，局勢更加不利。儘管黃巾軍的一些餘部在張梁、張寶等將領的領導下繼續堅持戰鬥，但最終還是無法抵擋官軍的進攻。公元 185 年，皇甫嵩先後擊敗張梁、張寶，黃巾軍的起義浪潮逐漸平息。
然而，黃巾起義雖然被鎮壓下去，但它給東漢王朝帶來的衝擊卻是毀滅性的。首先，黃巾起義沉重地打擊了東漢政府的統治權威。黃巾軍在各地的大規模軍事行動，使得東漢政府的地方政權陷入癱瘓，許多地方官員被殺或逃亡，政府的控制力大大減弱。其次，黃巾起義引發了大規模的社會動盪。在戰爭期間，百姓們流離失所，農業生產遭到嚴重破壞，社會經濟陷入了混亂。大量的流民四處遊蕩，為了生存，他們不得不結夥為盜，搶劫財物，使得社會治安急劇惡化。
此外，黃巾起義還導致了東漢王朝軍事力量的削弱。在鎮壓起義的過程中，東漢政府雖然調集了大量的軍隊，但這些軍隊在戰爭中也遭受了重創。而且，為了鎮壓起義，東漢政府不得不賦予地方豪強更多的軍事權力，使得地方豪強勢力迅速崛起。這些地方豪強們擁有自己的私人武裝，他們在鎮壓黃巾軍的過程中，逐漸形成了割據一方的局面。
在黃巾起義的影響下，東漢王朝各地紛紛出現了軍閥割據的局面。例如，袁紹在冀州崛起，他憑藉家族的威望和雄厚的實力，招攬了大量的人才，成為北方最強大的軍閥之一。曹操在兗州招兵買馬，他善於用人，實行屯田制，逐漸發展壯大自己的勢力。袁術在淮南地區擁兵自重，企圖稱帝。劉表在荊州建立了自己的統治，他保境安民，維持著荊州的相對穩定。孫策在江東地區繼承父業，經過多年的征戰，奠定了東吳政權的基礎。這些軍閥們相互攻伐，爭奪地盤，東漢王朝已經名存實亡。
在政治上，東漢政府內部的矛盾更加尖銳。外戚與宦官之間的鬥爭依然激烈，他們不顧國家的危亡，繼續爭權奪利。公元 189 年，漢靈帝去世，外戚何進與宦官集團發生了激烈的衝突。何進企圖誅殺宦官，獨攬朝政大權，但他在行動過程中猶豫不決，被宦官搶先下手殺害。隨後，袁紹等人率領軍隊入宮，誅殺了宦官集團。但此時，董卓趁機率軍進入洛陽，他廢黜了少帝劉辯，擁立陳留王劉協為帝，即漢獻帝，自己則掌握了東漢政府的軍政大權。董卓的專權引起了各地軍閥的不滿，他們紛紛起兵討伐董卓，形成了關東聯軍。但關東聯軍內部矛盾重重，各懷鬼胎，無法形成有效的統一指揮，最終在與董卓的戰爭中不了了之。
在經濟上，由於長期的戰亂和社會動盪，東漢王朝的農業生產遭到了嚴重破壞，土地荒蕪，糧食短缺。商業活動也受到了極大的影響，許多城市在戰爭中被摧毀，市場蕭條，物價飛漲。百姓們生活在水深火熱之中，社會矛盾進一步激化。
在文化上，黃巾起義對東漢時期的思想文化也產生了一定的衝擊。傳統的儒家思想受到了挑戰，一些士人開始對儒家的政治理想產生懷疑，他們逐漸轉向其他思想領域