成功擺脫神秘艦隊的追擊後，聯盟艦隊帶著滿身的傷痕和滿心的疑惑，踏上了歸程。艾米莉坐在指揮艙內，臉色疲憊但眼神堅定，她深知這次的遭遇只是一個開始，背後隱藏的真相必須被揭開。
回到聯盟基地，艦隊立刻進入休整狀態。傷員被送往醫療中心接受治療，受損的飛船也在加緊維修。而艾米莉則馬不停蹄地組織了一場高層會議，商討下一步的行動計劃。
“我們不能就這樣坐以待斃，必須主動出擊，弄清楚神秘艦隊的來歷和目的。”艾米莉的聲音在會議室內迴盪。
“但我們對他們一無所知，從何查起？”一位官員提出了疑問。
“從我們在神秘星系的發現入手。”一位科學家站了起來，“我們在那裡發現的古老遺蹟和關於能量核心的線索，也許能為我們提供一些方向。”
經過一番激烈的討論，聯盟決定成立一個特別調查組，由艾米莉親自帶隊，深入研究在神秘星系獲取的資訊。
調查組首先對那些古老遺蹟進行了更加細緻的分析。他們發現，遺蹟中的一些符號和圖案似乎與某種宇宙法則相關，而這些法則可能是控制能量核心的關鍵。
“難道神秘艦隊是為了這些法則而來？”艾米莉陷入了沉思。
與此同時，情報部門也在全力蒐集關於神秘艦隊的情報。他們透過與其他星系的交流和暗中調查，發現有一些星系曾經遭遇過類似的神秘力量，但都沒有留下太多有用的線索。
“這股力量似乎在暗中操縱著一切，我們必須儘快找到突破口。”艾米莉感到時間緊迫。
在研究過程中，一位年輕的學者提出了一個大膽的假設：“也許神秘艦隊並非來自我們所在的這個宇宙維度，而是來自更高維度的空間。”
這個假設讓所有人都大為震驚，但也為調查提供了新的思路。
為了驗證這個假設，調查組開始對能量核心進行更加深入的研究。他們發現，能量核心的波動與一些高維度物理現象有著驚人的相似之處。
“如果這個假設成立，那麼我們面對的將是一個前所未有的強大敵人。”艾米莉深知事情的嚴重性。
就在調查組緊鑼密鼓地工作時，聯盟內部也出現了一些不安的聲音。一些人擔心調查會引發更大的危機，主張採取保守的防禦策略；而另一些人則堅信只有主動出擊才能保護聯盟的未來。
“我們不能被恐懼所束縛，必須勇敢地面對未知。”艾米莉在一次公開演講中說道，“只有揭開真相，我們才能找到應對的方法。”
在艾米莉的鼓舞下，聯盟上下團結一致，全力支援調查組的工作。經過艱苦的努力，調查組終於在一份古老的文獻中發現了關於高維度生物的記載。
“這可能是我們找到真相的關鍵。”艾米莉拿著那份文獻，眼中閃爍著希望的光芒。
然而，就在他們準備進一步深入研究時，新的危機悄然降臨。神秘艦隊再次出現，而且這次他們的目標直指聯盟基地。