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和希洛有著相同目的的4位高達駕駛員——迪歐·麥克斯韋、特洛瓦·巴頓、卡特爾·拉巴伯·溫拿、張五飛。他們在相互接觸的過程中掉進了秘密結社oz的總帥特列斯·克修里納達的陷阱，導致聯合的和平派被全部剷除。以此事為契機，oz登上了歷史的舞臺。
隨後，一度陷入絕境的少年們在與世界的搏鬥中尋找自己戰鬥和存在的意義，邂逅了神秘強大的“零式系統”，最後與特列斯、積古斯等人一起，用一場牽動了所有人的大決戰，為全人類帶來了永久的和平。
“這一次的狀況，‘深淵’在誰身上還真不好判斷啊。”洛克昂有些苦惱的抓抓頭。
“與其在這裡苦惱誰最有可能被深淵寄生，不如親身去接觸一下。”格拉漢姆倒是對此並不擔心。
“事不宜遲，我們還是先出發比較好。”劉凌做出了決定。
眾人站起身來，準備離開這個房間。
這個時候。會議室的大螢幕卻亮了起來。
“有通訊接進來了，是從nerv來的。”大鳳解釋道。
螢幕上很快亮起了色彩。
發起通訊的人，是碇源堂。
“要走了？”他的問話很短，也很有力。
“沒錯，新的任務出現了。”劉凌也不遮不攔，直白的將訊息告訴了碇源堂。
“把那個帶過去吧。在這裡也用不到，反倒是說不定對你有用。”老碇淡淡的說道。
“那個”，毫無疑問的，就是被留在了nerv的機體，莫名出現在這個世界的linebarrel。
“好吧。”劉凌表示同意，“感謝。”
“祝你順利。”碇源堂說完，結束了通訊。
他並沒有告訴劉凌。只有他們才知道的，關於這個世界的秘密。
成為了領地世界的世界，將處於世紀系統最嚴密的保護下，沒有被深淵再次入侵的風險。但是與之相對的，由於與其主人code之間的聯絡過於緊密，一旦code這邊覆滅，這些世界也會快速地消亡，可謂是“一榮俱榮。一損俱損”了。
“這樣好嗎？”冬月的雙手背在身後，站在老碇身邊問道。
“這樣就夠了。”老碇輕輕的舒了口氣，“我們作為他的領地世界的居民，應該好好地支援他，別再讓他擔心和分心。”
“是嗎……是啊。”冬月彷彿在感嘆著什麼一般說著。
收容著linebarrel的培養巢，全都被轉運和安裝到了鳳凰座的格納庫中。
“新系統全部上線……自檢完成。”
大鳳的身邊，赤色的演算環緩緩收回。
“全艦，戰鬥用護甲展開。”
鳳凰座的各個舷窗邊，原本固定住的可動裝甲覆蓋到了舷窗上。
隨著裝甲內側的黑色一陣變換，視窗展現出從艦船各處的攝像機獲取，經由演算系統進行電腦合成的cg影象。
整個艦橋從航行位置移動到了更加隱蔽和安全的作戰位置，而內部的甲板。則是轉化為了巨大的螢幕，將整艘艦船所有方向的景象全部展現在眾人的面前。
“重力子與gn粒子壓載，全艦升空。”
隨著大鳳冷靜清晰的指令，眾人只感覺到穩定輕微的加速度施加在自己身上。同時艦橋之中的視角緩緩上升。
“電磁波隱身，開啟。”
就像是全艦漸漸變為玻璃，艦船一點點的化為透明，在天空中漸漸地難以分辨。
“老大。出發吧。”劉凌對著視線中的第三新東京市，再一次地道別，隨後對著世紀系統說道。
“你們準備好了？那麼傳送將在三秒之後開始。”
柔和的白光將鳳凰座籠罩