淳佑元年十一月，蒙古窩闊臺汗病死。內部紛爭汗位，無暇全面部署對南宋大規模戰爭，南宋得以暫時休整和調整防禦部署。
宋理宗趙昀命在淮東屢立戰功的的餘玠為兵部侍郎，四川制置使兼知重慶府，全面負責四川防務。
自淳佑三年至寶佑元年，在蒙宋戰爭中出守四川的餘玠多次擊退蒙古軍進攻的作戰。納用播州人冉璡，冉璞兄弟建策，採取依山制騎以點控面的方略。
先後築青居，大獲，雲頂，釣魚，蒼溪東南，金堂南等十餘城並遷郡治于山城。又調整兵力部署移金州戍軍於大獲，移沔州戍軍於青居，移興元戍軍於合州。共同防守內水，移利州戍軍於雲頂以備外水，諸城依山為壘據險設防。
屯兵儲糧，訓練士卒，經數年建設逐步建成以重慶為中心，以堡寨控扼江河。
要隘的縱深梯次防禦體系，邊防稍安。
屢破蒙軍
餘玠在四川，開屯田以備軍糧，整頓財賦，申明賞罰，修築山城。抗蒙有功將士都得到獎掖。違法的將官，受到懲處。利州都統制王夔兇殘跋扈，號稱“王夜叉”，不聽餘玠排程，到處劫掠。餘玠依軍法斬王夔。經過餘玠的整頓，四川駐軍聲勢大振。蒙古軍多次自西來侵擾，都被宋軍打退。[9]
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抗蒙戰爭
淳佑六年（1246年），蒙古分兵四道入蜀，餘玠繼多次戰勝蒙古軍進攻之後，依靠新建立的山城防禦體系，又打退了蒙古軍的進攻。餘玠守蜀有功，淳佑八年（1248年），被任為兵部尚書，拜資政殿學士，給予執政官相同的恩數，仍駐四川。
淳佑十年（1250年），餘玠調集四川各路精銳，誓師北伐。以一部兵向隴蜀邊界出擊；自率主力，取金牛道向漢中（今屬陝西）進發，三戰三捷。次年四月，餘玠率軍號十萬進佔漢中西之中梁山。
淳佑十二年（1252年），蒙古汪德臣部侵掠成都，圍攻嘉定（今四川樂山）。餘玠率部力戰，再次打退蒙古軍。在餘玠的領導下，四川抗蒙形勢日益好轉。
含冤暴卒
餘玠抗戰獲勝，宰相謝方叔卻設法迫害餘玠。餘玠與統制姚世安不和，姚世安則以謝方叔為援。
寶佑元年（1253年），謝方叔和參知政事徐清叟等向理宗誣告，攻擊餘玠獨掌大權，卻不知事君之禮。理宗聽信讒言，以金牌密令召其還朝。餘玠知有變故，憤懣成疾。同年七月（餘玠之子餘如孫所撰《玠府君墓誌銘》稱是五月十八日，餘玠在四川暴卒，享年五十六歲。有傳聞稱他是服毒自盡。餘玠死後，“蜀人莫不悲慼如父母”。
餘玠死後，理宗為之輟朝，特贈五官。次年六月，侍御史吳燧等在宰相謝方叔等指使下奏陳餘玠“聚斂罔利”的七罪，理宗下詔查抄餘玠家財，之後又稱他鎮撫四川無方，勞軍困民，命其家運錢“犒師振民”。十月，再經監察御史陳大方誣告，理宗遂削去餘玠資政殿學士等一切官職，並迫害其家屬和親信。
寶佑六年（1258年）十一月，迫於朝內抗蒙形勢和民間壓力，理宗下詔追復餘玠官職。
主要成就
主詞條：安豐之戰、餘玠防蜀之戰
餘玠富韜略，通兵法。初投淮東制置使趙葵麾下，營田、備戰有功。嘉熙三年（1239年），率軍遠襲開封（今河南開封）、河陰（今河南鄭州西北）一帶蒙古軍，全師而還。淳佑元年（1241年），率舟師解安豐（今安徽壽縣）圍。淳佑二年（1242年），餘玠建策理宗改變輕武重文之風，深受賞識，出守四川。他到任後，革除弊政，遴選州縣官吏，招賢納士，大興屯田，整頓軍紀，使軍勢大振。針對蒙古騎兵善馳突的特點，餘玠採