流人物，司馬懿特別寬大處理，如魯芝，辛敞，王沈等人，
後來還有人成為晉朝新貴。
嘉平元年（249年）二月，曹芳任命司馬懿為丞相，司馬懿固辭丞相之職不受。
十二月，詔命加九錫之禮，朝會不拜，司馬懿又固辭九錫。
嘉平二年（250年）正月，曹芳命司馬懿在洛陽立廟。
司馬懿久病，不任朝請，每遇大事，天子親自到他府中去徵詢意見。
司馬懿誅曹爽，導致曾為曹爽籠絡升為車騎將軍、開府儀同三司，
後又升為司空的王凌心生不滿，與外甥令狐愚圖謀廢黜曹芳，立楚王曹彪為皇帝。
還未行動，令狐愚便已死亡。
嘉平三年（251年）正月，王凌藉口吳人塞塗水，請求出兵征討。
司馬懿知其陰謀，不令興兵。並於四月親率中軍討伐王凌。
司馬懿故技重施，先下赦書赦免王凌之罪，寫信安慰他，但不久大軍突至。
王凌自知勢窮，便獨自乘船迎接，派屬官王或請罪，送上印綬、節鉞。
司馬懿軍到武丘，王凌在水邊自縛等待，說：“我如有罪，公可用半片竹簡召回，
何苦親自來呢？”司馬懿說：“因為君非折簡之客啊！”
說罷，命將領率六百人馬想把王凌解送洛陽。途經賈逵的寺廟，王凌大聲呼廟。
五月甲寅日（6月15日），王凌到項城，絕望，服毒而死。
司馬懿進軍壽春，參與王凌之謀的人都出來自首。
司馬懿推知其事，凡牽連在內的一律誅滅三族。派人挖開王凌、令狐愚的墳墓，
在附近的市上，剖棺暴屍三天，然後，燒掉他們的印綬、官服埋於土中。
司馬懿最終逼楚王曹彪自盡，並趁機把魏之王公全部拘捕，放置鄴城，
命有司監察，不准他們互相交結往來。
曹芳策命司馬懿為相國，封安平郡公，孫及兄子各一人為列侯，
前後食邑五萬戶，封侯者十九人。司馬懿固辭相國、郡公之位不受。
嘉平三年（251年）六月，司馬懿病重，夢見賈逵、王凌對自己作祟。
八月戊寅日（9月7日），司馬懿在洛陽去世，享年七十三歲。
九月庚申日（10月19日），司馬懿被葬於河陰首陽山，諡號文貞，
追封相國、郡公，司馬孚秉承他的遺願，辭讓郡公和殊禮，遺命簡葬，
作顧命三篇，斂以時服，不樹不墳，不設明器。
諡號後改為文宣。但《三國志》和《晉書·文帝紀》均記載諡號為“宣文”，
故多以後者為準。十一月，有司奏請將各位已故功臣的靈位置於魏太祖廟中，
以配享祭祀，排位以生前擔任的官職大小為序。
太傅司馬懿因位高爵顯，列為第一。
鹹熙元年（264年），司馬昭封晉王后，追封司馬懿為宣王。
泰始元年（265年），司馬昭之子晉武帝司馬炎受魏禪，
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給司馬懿上尊號為宣皇帝，稱其陵墓為高原陵，廟號高祖。
司馬懿在魏明帝大修宮室之際他也加以勸諫，魏明帝駕崩後他奏請罷修宮室，
雕玩物之人力，節用務農，使天下欣賴。
識拔人才上，司馬懿從寒門中提拔了鄧艾、王基、州泰等人才，
如虞預所說，經略之才可謂遠矣[81]。在扳倒曹爽後，司馬懿或以剿殺，
或以監禁的方式削弱曹魏宗室力量，為日後其子孫篡魏開晉打下堅實基礎。
司馬懿擊吳獲勝後，被任命為驃騎將