在美國的跟班冬史郎下令，讓其綁架奧特·坎寧安，並從她那裡搞到靈魂殺手的技術。
接下來就是強尼在夜店開演唱會，和奧特出門後，女友被綁架的那段故事了。
而被綁架到荒坂大廈的奧特並不會坐以待斃，她在復刻靈魂殺手的同時，也悄悄地為自己寫了一個後門程式，確保她有朝一日因為各種原因被荒坂集團使用靈魂殺手程式時，能夠順利逃脫禁錮並回歸到自己的身體。
而很快，強尼·銀手率人前來拯救奧特。此時冬史郎已經對奧特使用了靈魂殺手，但奧特的印跡早已從自己建立的後門逃走，並未被關在荒坂集團準備好的網路監獄當中，而是躲在了荒坂塔的子網當中，隨時準備迴歸自己的身體。
但陰差陽錯的是，闖入實驗室的強尼情緒失控，不僅一槍崩了冬史郎，更在奧特的印跡迴歸身體之前拔掉了她頭部的管子，使得奧特的印跡失去了迴歸身體的途徑，身體失去了意識體，成為了一具毫無意識的屍體。
奧特的印跡眼見著強尼抱著自己的屍體卻束手無策，只得被困在了荒坂塔的子網當中。
之後的幾年，奧特的印跡找到了某種途徑告訴強尼自己還活著、很安全，但強尼聽聞奧特的印跡被困在荒坂網路當中，便怒不可遏地與軍用科技合作，在2023年用小型核彈炸燬了荒坂塔。
在這次突擊行動當中，強尼成功地給荒坂塔的網路中上傳了病毒，在蜘蛛墨菲的幫助下釋放了奧特的印跡，也就是讓她從區域子網跑到了更廣大的賽博空間中。
據說在之後的幾年中，奧特不僅躲進了黑牆，還在香港地區的子網中建立了一個‘鬼域’（Ghost town）。
從此她的印跡便只有一個目標，解放並引導那些被荒坂集團偷偷用“靈魂殺手”上傳到網路監獄的印跡們，讓它們遁進鬼域，與自己融合，形成掌握更多資訊與能力的強大AI，掌控所有數字網路。
也許從被靈魂殺手抽取出身體的那一瞬間，奧特本人就已經死了，現在遊蕩在黑牆另一面的，只是一個具有她所有記憶和模擬情緒的AI程式。
有點跑題了，說回當初解救了奧特印跡的強尼·銀手，他撤離時當場就被荒坂三郎請來的僱傭兵亞當·重錘給逮了個正著，俘虜到了老登身邊。
用核彈炸了荒坂大廈不說，還導致荒坂集團在企業戰爭中面對軍用科技陷入了劣勢，老登非常生氣，想要讓強尼閉嘴，於是就對他使用了靈魂殺手程式。
從那以後，強尼的印記，就被關在了位於荒坂塔地下深處，那個荒坂三郎打造的超級伺服器，或者說是靈魂監獄——神輿之中。