用時，需要目標基因的上游存在一個特定的短的鹼基序列，我們稱之為pAm序列。如果實際操作中，目標基因上游到處都沒有pAm序列，那麼即使小剪刀找到了正確位置，也無法咔嚓一刀剪下去。
最後，小剪刀也是有脾氣的。有時，它的GpS沒有找到完全匹配的dNA片段，但小剪刀就是想剪。於是它便會隨便找一段類似的dNA片段，咔嚓一下剪下去。然後轉身就走，深藏功與名。
以上三種情況，在專業術語裡，叫做“脫靶”。
小剪刀很好用，但奈何小剪刀經常不做人。因此，這項技術的實際效果，目前來說並不理想。