寺圓藏山（之前被炸碎，後來被魔術協會修補）出現了一口黑泉。
在冬木市陸續有人遭遇不明襲擊遇害，最終察覺到魔力異常的魔術協會中給凜下達了偵查命令。
雖然凜還是loli一隻，但同樣是遠坂家的現任家主，於是展開調查，發現了這口黑泉，而且觀察後發現，每過一段時間，就會有全身漆黑的英靈狂躁英靈爬出來。
遠坂凜使用綠寶石變身魔法少女，和這個不知名的黑化servant戰鬥，並且將其擊敗。
凜將訊息告知了阿爾託利亞、lily、尼祿、莫德雷德尋求幫助，並且將隱藏在冬木市的黑化servant找出來，逐一殲滅。不過就在愛爾奎特和希耶爾聯手準備封印黑泥磹的時候，美遊被人抓走。
和沒有關係很好的伊莉雅果然不能忍，在紅寶石說漏嘴情況下，去找時鐘塔的魔道元帥澤爾裡奇。
澤爾裡奇本來是不想答應的，但有尼祿這個脾氣火爆的羅馬暴君尼祿在一旁虎視眈眈，只能退一步，但勸說伊莉雅將所有寶石魔法禮裝的擁有者聚起來，才答應。
之後，阿爾託利亞她們還有藤乃、露維雅都來了，澤爾裡奇開啟平行世界的通道，將她們送過去，並且臨行囑咐，如果遇到生命危險，就捏碎傳送水晶。
“原來如此！”林默眼底煞氣一閃，不管怎麼說，美遊是他的人，豈能說擄走就擄走？
“林，我擔心她們的安全。”愛麗斯菲爾忐忑道。“我現在去幫忙，順便把問題解決。啵——！”林默wen了一下愛麗斯菲爾的額頭，離開了城堡。
……
林默分出精神體進入‘根’源中，找到了蓋亞和阿賴耶兩隻loli。
“欲要使其滅亡，必要使其瘋狂！汝之來意，吾以知曉！那個平行世界大源已經枯竭！因為人類的過度貪/婪，衍生出太多的【惡】！毀滅的命運已經決定了！”
蓋亞loli恬靜道，一旁的阿賴耶則是沉默不語，預設了蓋亞的說法。