港口時，天邊傳來的衝擊波終於到了。宿舍區的房屋很快就被吹倒，各種雜物開始亂飛，一些同樣感覺情況不對、提前跑出來的人也被吹翻在地，接著被廢墟掩埋，或者被雜物擊中、撲倒在地。美里的背上也被一塊翻飛的金屬片劃穿，疼得她當場就暈了過去。
“堅持住，美里！”男人一把抱起美里，奔向停留在港口的考察船，也許是為了救自己的女兒，他爆發出了前所未有的速度，很快就到達了救生艙附近。
此時，整個港口已經沒有幾個站著的人了。
將美里放進救生艙，男人取下來掛在自己胸前的十字吊墜，喃喃說道：“活下去，美里！你一定要活下去！”
天空中是幾支不斷向上延伸的白色物體，它們如鳥翼一般緩緩舒展，散發出的白光把太陽的光芒都掩蓋住了。在這背景下，父親的身影是那麼的渺小而脆弱，美里費力地想要睜大眼睛再看一看那張臉，但是艙門已經關上，隨後又是一陣更大的衝擊波傳來，美里也失去知覺，昏了過去。
等到救生艙被打撈起來時，已經是事故發生的第二天了。美里作為唯一的倖存者得到了很好的照顧，但是也許是衝擊太過劇烈，船上的人發現這個女孩雖然還保留著神智，但是似乎忘記了怎麼說話，總是呆呆地摸著胸前的十字吊墜。
事後的調查工作持續了很久，美里也一直呆在船上。她的“失語症”又持續了兩年，直到有一天，她突然開口，嚇了周圍的同伴一跳。那之後她好像變成了一個話癆，遇到誰都有說不完的話，這樣的情況又持續了幾個月。
最後，美里恢復了正常，除了腰背上留下了一道疤痕，和其他的女生沒什麼區別了。憑藉著優異成績，美里在2005年考入了第二新東京市的第二東京大學，在畢業後因為父親的緣故加入了“人工進化研究所”，現在又變成了NERV總部的一名作戰部長。
這就是名為葛城美里的少女與她的父親的故事。