洪秀全看到了教眾的信仰，也看到了起義的希望，馬上撰寫了多篇文章，包括《原道覺訓日》和《太平天日》等。
既然筆在自個兒手上，怎麼寫都行，洪秀全索性把自己是耶穌弟弟的說法寫進基督教的宗教歷史裡面，形成了一套獨立的，上天下地的拜上帝會基礎理論，對教眾進行進一步的洗腦。
同時，為了強化老百姓對上帝的信仰，洪秀全派教徒四處毀壞各種廟宇和供奉的其他神佛，妄想透過剷除百姓在中國地區的其他&ldo;偶像&rdo;，讓上帝的信仰壟斷人心。可惜這種做法激怒了各地的地主和政府，遭到了打擊，馮雲山也被當成反清分子被政府抓捕，後來當地政府沒找到什麼反清的證據，把馮雲山以&ldo;無業遊民&rdo;論處，押解回了廣東。
馮雲山被捕，洪秀全也算個講義氣的人，一句話也不說就把偌大一個教會丟下，馬不停蹄地趕去廣東救人。教主一走，&ldo;拜上帝會&rdo;就出現了群龍無首的局面，幾千人的社團沒人管，大家都跑掉怎麼。
就在這緊急關頭，骨幹成員楊秀清和蕭朝貴跳了出來，為了穩定局面，他倆給自己帶了頂更大的高帽，把自己說成了被上帝的爹和哥哥從天下凡附體，謂之：天父、天兄。
這樣一來，楊、蕭哥倆的身份比洪秀全牛多了，按輩分洪秀全還得叫楊秀清爺爺，叫蕭朝貴伯父。&ldo;拜上帝會&rdo;有這兩位教主的長輩級人物駕到，局勢馬上被穩住，而且信徒們似乎更尊重楊秀清和蕭朝貴。
1849年7月，洪秀全把馮雲山救回到了紫荊山，這時紫荊山的局勢可不同了，教主已經不是輩分最高的存在，上面還有爺爺和伯父。教眾們雖然不太明白權力鬥爭的道理，但是中華民族自古流傳下來的長幼尊卑還是瞭解的，此時拜上帝會的上層領導轉移到了楊秀清和蕭朝貴手上，洪秀全和馮雲山暫時失去了主要領導的地位。
這一領導層的變動，使楊秀清和蕭朝貴的野心膨脹起來，他們經常用爺爺和伯父的名義來壓制洪秀全，甚至還要洪秀全給他們下跪。迫於長幼尊卑，洪秀全不得不這樣做，但正是因為這種權力的轉變觸動了洪秀全的根本利益，也為日後太平天國的內部矛盾埋下了一條很長的導火線。
為了奪回組織的絕對領導權，洪秀全又編出了一個說法:楊秀清和蕭朝貴只是上帝父親和哥哥的偶爾附體，為了在耶穌弟弟暫時離開的時期處理教中的各種事務而在百忙中抽空來到人間。但是天上的工作很忙，所以他們倆只能偶爾附體，而洪秀全則是上帝顯靈使秀全他娘懷胎十月生出來的真正兒子，是真神，專門負責到中國地區救萬民於水火之中，所以教中的事務還是靠洪秀全來主持。
經過這麼一說，教裡的弟兄們覺得似乎又是那麼一回事，合情合理。大家又擁護起洪秀全來。此後，經過洪秀全和馮雲山的多年努力，拜上帝會已經在紫荊山地區有了一定的勢力，同時也得到了當地土豪地主韋昌輝和石達開帶著一家老小一起加入。
至此，拜上帝會形成了以洪秀全、楊秀清、蕭朝貴、馮雲山、韋昌輝和石達開六人為領導核心的反清組織，不斷發展壯大。
此時洪秀全的手下已經超過了一萬人，都是虔誠的信徒，地利人和盡佔，但他依然按兵不動，他在等，等一個揭竿起義的最好天時。
1850年，道光皇帝駕崩，其子鹹豐皇帝即位。洪秀全得到訊息後很開心，馬上寫下了一首詩：
近世煙氛大不同，知天有意啟英雄。
神州被陷從難陷，上帝當崇畢竟崇。
明主敲詩曾詠菊，漢皇置酒尚歌風。
古來事業由人做，黑霧收殘一鑒中。
洪秀全明白，他要的天時已經來臨，此時不反，更待何時？