璋已經獲悉太平失陷的訊息，但他的水軍與陳友諒無法較之高下，有人提議放棄南京，轉而堅守南京城東的紫金山。
朱元璋決心迎戰，他要誘陳友諒上岸，並引陳友諒去指定地點，打伏擊戰。等陳友諒的水師到了大勝關，這裡港汊太窄，大船不能停靠，他又怕遇上埋伏，於是下令向長江返航。
由於當天暴雨天氣，朱元璋又經過精心設計，他和馮勝的軍隊進攻漢軍後衛，迅速贏了一仗。在南京這邊戰鬥進行的時候，胡大海從浙江進犯江西，這個行動開啟了明軍在江西的戰鬥全景。
南京一仗之後，陳友諒因他的失敗和給部隊帶來的損失，他在江西的地位發生了動搖。
1361年，朱元璋向長江上游進軍，他將陳友諒趕出九江。但朱元璋在還沒完全佔領江西的時候就離開了南昌，南昌發生叛亂，朱元璋只能調回武昌的軍隊來鎮壓南昌的叛亂。
接著是明軍隊伍中的浙江叛亂，因為朱元璋對南昌情況的一時疏忽，陳友諒取得時間來進行重新武裝，他預備接著進攻搖搖欲墜的明政權。
朱元璋知道明軍遠離南京，南京城有被張士誠的吳軍進攻的危險，但他認為他的部隊還是應該全力進攻陳友諒的漢軍。