倭寇戰法提為神機七營參將，沒多久提拔代理都督僉事，充任副總兵官協同防守薊鎮。
萬曆二十一年正月又被命統領薊鎮，遼陽，保定，山東各軍去抵抗倭寇，保衛海防。被欽命為南澳鎮副總兵，越載二月離任。
當時朝廷準備和日本和談，於是陳璘被派去協助防守漳州潮州。
抗倭援朝
萬曆二十五年，明，日和談失敗陳璘重新被啟用統帥五千廣東兵支援朝鮮。
萬曆二十六年，陳璘升御倭總兵官，與劉綎一起統帥部隊，其部下駐紮在山海關時大鬧，陳璘受到譴責。
不久命令他提督水軍跟麻貴，劉綎以及董一元分路前進。領士兵一萬三千多人，戰艦數百艘分佈在忠清，全羅，慶尚各海口。
陳璘水軍成功震懾到倭寇，使日軍不敢於海上行軍。時豐臣秀吉病逝，日軍大撤退。陳璘令部下鄧子龍和朝鮮將領李舜臣於豐道上截擊敵人，結果二人雙雙死亡。
陳璘又派陳蠶，季金率軍支援，痛擊倭寇，日軍大敗。這時劉綎才攻打小西行長軍隊，行長軍退守順天城。陳璘揮師西進，毀倭船百艘，斬溺倭兵百餘人，將倭寇首領石曼子擊敗，生擒倭帥平正成，平正秀並處死。
並與陸路明軍夾攻順天日軍，取得了露梁海戰的徹底勝利。
陳璘一生主要有三大功績:一是平定兩廣的匪患並落籍粵西雲安縣時稱東安縣。
為當地的社會穩定，經濟發展起到了開拓者的作用；二是統領水師抗倭援朝，尤其是露梁大捷一仗，明軍大敗日軍成為亞洲海戰史上著名戰役之一，讓日本此後二百年不敢覬覦中華。
三是平定播州叛亂，促進我國西南地區的經濟發展和社會進步。
陳璘親自指揮的露梁海戰是一場以切斷敵人海上退路為目的的規模巨大的海上殲滅戰，被認為是亞洲海戰史上之一。
這次海戰給侵朝日軍以重大打擊，對戰後朝鮮和平局面的形成起到了重要作用，經此大捷之後200多年日本不敢萌生侵略中國之念，而朝鮮亦得復國。
然而這樣的英雄人物卻被惡意抹黑，前有岳飛盡忠報圖被奸臣，昏君以“莫須有”之名陷害而死，後有大明陳磷被抹黑，更氣人的是朝鮮分裂成朝韓兩國後，後世韓國抹黑陳磷比清朝有過之而無不及。
明朝嘉靖二十二年即1543年1月27日廣東省翁源縣龍田村富戶老陳家出生的男孩，取名陳磷。
成人後，一心報國，然而人生幾度浮沉。
同樣身為武將一生浴血南北，更視岳飛元帥為不二的偶像。行軍打仗途中每次遇到岳飛的廟宇立刻整裝虔誠祭拜，恭敬奉上香火。
但他的身後之名卻留下更重悲情，一生戰功卓著甚至千里遠征在異國他鄉，打出中華天朝軍威，卻不停遭到抹黑，淪為野史裡的小丑形象。
浴血輝煌幾遭遺忘，這位武將正是明朝中期一代將星萬曆年間無可爭議的民族英雄陳璘！
他就是為戰爭而生，沒受過任何專業訓練，打仗的本事無師自通。不但衝鋒兇猛，鬼點子也十分多。陳璘不但智勇雙全而且特別認真。
只要是打仗的事從來認真對待，平定嶺東倭寇時為了籌劃一個奇襲戰術他不但身先士卒更苦思到頭髮全白。
可也就是太認真早早就給他招了禍，鎮守羅定洲的時候因為從嚴治軍嚴懲了一批禍害百姓的敗類卻也被這些敗類報復，勾結御史羅應鶴告了黑狀。剛烈的陳璘哪裡受得了這個，立刻憤然辭職回家，過休閒日子去了。
但他沒想到這事竟給他身後名譽挖大坑，一百多年後中國大地山河變色。
清王朝給明朝修史不知道是清朝史官學問太差還是心術差？竟把這莫須有的罪名照單全收，給這位戰將扣上了貪汙