佔領東番後，李元讓登萊水師加緊巡邏，防止西班牙人的報復，同時警惕荷蘭人的攻擊。
與此同時，那些要流放的人也有不少人到了福建，於是李元先是修建了不少倉庫，從天津運了大量的糧食過來，這是朱由校準備好的，畢竟流放上百萬人到東番，前期沒有任何產出，肯定要有大量的糧食。
等糧食存了不少後，李元開始讓福建布政使組織將那些人送到東番，然後開始修建城池和開荒。
朱由校對東番的定義是府一級行政單位，歸福建管轄。
隨著人員到達，李元開始分流，在東番島南北中都開始修築城池。
同時守備衛所也開始清理島上的土著，願意投降的和流放之人一起開荒，反抗的一律絞殺。
就在李元在東番島忙碌的時候，位於京城的朱由校也收到了這次大清洗的收穫。
抄家得到白銀近兩億，黃金五百萬兩，至於土地，那比江南那次收穫還大，畢竟江南雖然有錢，但這次是全國範圍的清洗，規模更大。
至於糧食，也有近兩千萬石，朱由校沒有轉運，而是在各地修建官倉，就地儲存。
與此同時，全國上下都被這次大清洗嚇壞了，畢竟從古至今就沒有一位皇帝幹出如此大事，殺官如麻的洪武朱元璋都要甘拜下風。
雖然表面上不敢說什麼，但在那些讀書人的嘴裡，朱由校已經是古往今來第一暴君了，河南有些士子還來了一次他們最喜歡的遊行示威，結果全被朱由校打包送到東番島去了。
朱由校的命令是，他們這麼講究仁義道德，什麼時候把東番島教化的沒有文盲了，什麼時候他們就是無罪了，不然他們禁止科舉，他們的後人也一樣。
就在朱由校還準備繼續改革的時候，山東出事了，一直沒動靜的白蓮教造反了。
本來歷史上天啟二年他們就應該造反了，但或許是被嚇到了，一直沒有動靜，朱由校還以為他們放棄了。
之前錦衣衛忙著佈局全國，朱由校也沒怎麼管，畢竟他也不覺得這些人能成事，但現在都造反了，也該處理了。
山東白蓮教頭領叫徐鴻儒，徐鴻儒是河北薊州聞香教主王森的徒弟。王森於灤州石佛口傳教，自稱得妖狐異香，故倡聞香教。萬曆二十三年（1595 年），曾因傳播“邪教”罪被捕，用賄得釋， 入京師。在北京他廣交外戚宦官，繼續行教。只因他的徒弟李國用用符咒召鬼，另立教派，和王森一派發生矛盾爭執，終於事發。四十二年（1614 年）王森再次被捕，五年後死於獄中。
王森死後，他的兒子王好賢和徒弟徐鴻儒、於弘志繼續傳教，信徒越來越多。
本來他們是準備天啟二年就造反的，但誰知道新上來的朱由校這麼猛，先是御駕親征打贏蒙古和建奴，接著又是整頓衛所，而且軍隊戰鬥力太強了。
之前江南造反的時候，他們就準備起兵響應的，但他們還沒準備好，造反就被平定了，而且紫金山下那場殺戮也把他們嚇到了。
隨後又是清洗全國官員，這大動作一個接著一個，他們本來都放棄造反了，誰知道這時候有人聯絡了他們，他們覺得機會來了。
“確定了嗎？”朱由校坐在乾清宮中，語氣冰冷。
“啟稟陛下，臣已經詳細查過了，確定了！”鄭耀先恭敬回應道。
“好啊，我還沒來的及給他孔家一刀呢，他孔家倒是給了我一刀！他們這是找死！”朱由校好久沒這麼憤怒了，自從登基後，在他的計劃下，一直順風順水的，結果現在孔家來打他的臉了。
“陛下息怒！”
魏忠賢和鄭耀先連忙下跪，同時內閣首輔張威也出聲了:“陛下，當務之急是儘快平定造反！”
英國公張維賢