至於還未正式宣發的翔空營，永安帝打算等他們上了戰場，表現出他們應有的實力之後再正式下旨組建。翔空營日後自然也是直接受永安帝統領。
同時，永安帝還下旨，正式設「軍工研究院」和「軍醫藥研究院」，隸屬兵部，由隋國公統領，任兩院院長。太醫院醫首胡鵬舉兼任軍醫藥研究院副院長，太醫院醫令韋應石和柏世同兼任軍醫藥研究院研究員。「軍工研究院」和「軍醫藥研究院」與「科學研究院」的設定相當。軍工研究院和軍醫藥研究院的人員，根據其貢獻可升為五等匠（醫）師，四等匠（醫）師，三等匠（醫）師，二等匠（醫）師、一等匠（醫）師和軍工（醫學）學者。最高也是從一品待遇，以此類推。
軍工研究院和軍醫藥研究院將分別在京郊和東落城內建造官署機構。隋國公作為兩院院長和內閣成員之一，他的辦公地點則在天授宮內，有需要時，他可前往建造好的軍工研究院。這兩院因為官署還未建造，所以隋國公先挑選人員，待官署建造好後，這兩院再正式上馬。而兩院官署的建造費用由戶部和永安帝的私庫各出一半，而研究院今後的研究經費則全部從永安帝的私庫中出。
皇帝的私庫出資，隋國公任院長，所有人都清楚，軍工研究院和軍醫藥研究院說是隸屬於兵部，實則仍是聽命於皇帝。科學研究院、軍工研究院、軍醫藥研究院、火器營……永安帝手裡掌握了四個全新的官署機構，火器營更是戰場上的大殺器，而後三者都完全由永安帝的私庫出資研究。至此，永安帝把代表著俁國未來最先進的科學、軍事、醫藥機構牢牢抓在了自己的手中。
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