在劉凌和七號機引發了第三次衝擊之後，新世界誕生了。
過去被擊敗的使徒也各自重新回到了世界，以與人類相同的姿態行走在世界上。而世界本身，則似乎還有著一些其他的，不為人知的變化。
不過，只有一個使徒，最終也沒有回到世界中去。
那就是雷里爾，擁有著第五使徒雷天使的身份的使徒。在屋島作戰之後明明已經確認被殲滅的它，以或是遊魂或是殘魂的什麼方式重新回到了被修復的核心中，但過去屬於它的軀體卻不再聽從它的控制。
沒有人說得清這究竟是幸運還是不幸。
現在的雷里爾是一個膽小又怕生，但是心地善良的孩子。無論是誰遇到這樣的孩子，總會不由得想要為它做些什麼吧。
因為它是那麼純真。純粹。
在eva的陽電子炮之後，這是它第一次感受到直接對準了它來襲的，毀天滅地的威脅。
但是，僅僅只有維持著靈魂。或者說意識的存在的水平的這枚珠子，並不能讓它再做出什麼了。
“怎麼辦……沒有辦法躲開……”
“會被毀滅的……會消失……”
雷里爾能夠明確的感受到那個大小可以用千米記的光束，正在以恐怖的速度接近。
“為什麼要這樣……？有沒有人可以……”
她的聲音裡已經帶上了哭腔，以及一絲絲的絕望。
天秤座的主炮的光輝，已經可以在巴爾基的觀測裝置下看見了。
已經沒有多少時間留給這裡的人們了。
“救救我！”
——呼救？是誰在喊叫？
——是遇到危險了？
——聲音很無助，可以判斷出是面對了無法對抗的壓迫力……
“我們造出理想的ms，可不是為了讓它成為戰爭的道具的！”記憶之中的聲音響了起來。那是叫做j博士的男人所說的。
“要守護世界的平和……最溫柔的力量，才是最強大的力量……”這是一個叫做s博士的男人說的。
“你的使命就是保護……只有知道珍惜和痛苦的戰士。才會找到自己想要保護的東西……孕育出無匹的力量。”這是個叫做o教授的人的聲音。
然後，好像經歷了很多的變故，最後自己就被送進了黑暗的宇宙中……
究竟過去了多久了？
好空闊，好孤獨……
一個人飄蕩在宇宙裡……
想要擁有夥伴，想要有能夠互相依靠的人……
光亮，忽然就像是回到了熟悉的空間一般的光亮。但是長期混沌著的狀態下，已經不知道該怎麼反應了。
“我知道你在那裡。”有人這麼說道。似乎是想要託付什麼——雖然不知道這麼判斷的理由，但是可以這麼感覺到。
“我不知道你現在能不能聽到，但是假如你能聽見的話，就拜託你，在後面的戰鬥裡保護好它。”
似乎有什麼東西被留了下來，很小，但是對那聲音的主人而言，似乎很重要。
“我相信，以高達尼姆合金製作出身軀，又擁有著‘零式’之名的你，可以做到的……拜託你了……”
零式……那是我的名字？
那個聲音消失了。
似乎過了一瞬間，又似乎過了很久，又一次的感受到了呼喚的聲音。
“怎麼辦……沒有辦法躲開……”
“會被毀滅的……會消失……”
“為什麼要這樣……？有沒有人可以……”
“救救我！”
絕望的，澄澈的聲音。
——沒錯，我的使命是去保護啊……
一瞬間，彷彿是領